公元前590年，埃及法老普萨姆提克出兵巴勒斯坦，推罗国王投靠埃及，西顿被占领，犹太人齐德启亚及巴勒斯坦、外约旦等地纷纷倒向埃及。同时，米底王国与新巴比伦王国的关系紧张起来，为此新巴比伦王国筑起一条新长城防范米底人。然而，米底因要对抗乌拉尔图及西徐亚人，无力再与新巴比伦王国对抗，致使尼布甲尼撒二世可于公元前587年第二次挥军巴勒斯坦。他围困犹太人的圣城耶路撒冷，齐德启亚突围失败，落入新巴比伦王国军队之手，被挖去双眼后送往巴比伦尼亚。公元前586年，耶路撒冷被围十八个月后城陷，犹太王国灭亡，居民被俘往巴比伦尼亚，史称“巴比伦之囚”。

尼布甲尼撒二世又围攻腓尼基的推罗，不果。公元前574年，双方议和，推罗国王伊托巴尔三世承认尼布甲尼撒二世为尊者，保持了推罗的自治地位，其他附近的小王国都纷纷向尼布甲尼撒二世称臣、公元前569年，埃及发生王位之争，尼布甲尼撒二世曾趁此在公元前567年入侵埃及，结果不详，但迫使埃及放弃侵略巴勒斯坦的野心。

尼布甲尼撒二世死后不久，国内阶级矛盾及民族矛盾加剧，最后一个国王那波尼达统治时，国王及马尔杜克神庙之间的矛盾加剧，并试图另立新神，那波尼达离开首都，以其子伯沙撒摄政。公元前539年，波斯人崛起，居鲁士二世率军入侵新巴比伦王国时，祭司竟打开大门放波斯军队入城，伯沙撒被杀，那波尼达被俘，新巴比伦王国不战而亡。

古巴比伦城垣雄伟、宫殿壮丽，充分显示了古代两河流域的建筑水平。尼布甲尼撒二世对巴比伦城进行了大规模建设，使巴比伦城成为当时世上最繁华的城市，也是中东最重要的工商业城市。巴比伦城以两道围墙围绕．外墙以外，还有一道注满了水的壕沟及一道土堤，城内的主干道中央以白色及玫瑰色石板铺成，另城有八个城门，其中的北门就是著名的伊丝达尔门，表面用青色琉璃砖装饰，砖上有许多公牛和神话中的怪物等浮雕。巴比伦城被建设得宏伟壮丽，直到100多年后，希腊历史学家，被称为“历史之父”的希罗多德来到巴比伦城时，仍称它为世界上最壮丽的城市。

幼发拉底河自北向南纵贯全城，城内的主要建筑埃萨吉纳大庙及所属的埃特梅兰基塔庙，高达91米，基座每边长91．4米，上有7层，每层都以不同色彩的釉砖砌成，塔顶有一座用釉砖建成、供奉玛克笃克神金像的神庙。据说，这就是《圣经》中耶和华变乱人们的语言，致使人们未能造成通天的巴别塔。城内古建筑精华之一的“女神门”，高12米、宽近20米，门墙镶嵌着形象生动的釉彩动物图案，还有被称为世界七大奇迹的“空中花园”，引人注目的人与狮子搏斗的石刻雕像。

被列为古代世界七大奇迹之一的巴比伦“空中花园”，亦称“悬苑”，它依偎在幼发拉底河畔，新巴比伦王国国王尼布甲尼撒二世（公元前604－前562年）曾以兴建宏伟的城市和宫殿建筑闻名于世，他在位时主持建造了这座名园。相传，他娶波斯国公主赛米拉米斯为妃。公主日夜思念花木繁茂的故土，郁郁寡欢。国王为取悦爱妃，即下令在都城巴比伦兴建了高达25米的花园。此园采用立体叠园手法，在高高的平台上，分层重叠，层层遍植奇花异草，并埋设了灌溉用的水源和水管，花园由镶嵌着许多彩色狮子的高墙环绕。王妃见后大悦。因从远处望去，此园如悬空中，故又称“空中花园”。